阴茎短小有遗传因素，阴茎与身体其它器官一样，其大小及形态特点要受遗传基因的控制与影响。

阴茎短小与发育与营养状况

一般来说， 成年男性体格健壮，身材高大，其外生殖器包括阴茎、阴囊的发育也较好，阴茎可能较为粗大，反之则可能小一些，但是值得指出的是，阴茎的大小不会与身高成正比例，常可以见到一些身高不足1、60米的男性， 其阴茎勃起时可以达到18厘米以上。

阴茎短小与肥胖也有一些关系 一些小腹部、耻骨联合部、会阴部脂肪丰满突出的男性，往往阴茎的发育欠佳，比起正常男性的阴茎会相对短小。的确，与肥大的身体相比，这种短小的阴茎在婚后可能会给性生活带来一定的困难和不理想。

阴茎短小与其它方面也有关系 如内分泌紊乱， 男性激素水平不足，阴睾或阴囊肿胀产生的阴茎回缩等，都可能造成阴茎短小。

目前，我国虽然尚未对小阴茎者在男性中所占的比例做过科学的统计，但从临床中所遇到的病人和接受手术的人数来看，有这种生理缺陷的人不在少数，他们中大多数婚后的性生活不可能会很满意，因此他们要求手术治疗的心情往往是十分迫切。近年来，国内外的整形外科学者对小阴茎的整形做了大量的研究和临床实践，其主要目的有两条，一是延长阴茎，再就是增粗阴茎。