对于目前的社会来说，医学科学的进步发展，对人类乳头瘤病毒(HPV)感染的诊断手段有了很大的突破，使HPV感染的正确诊断率有了很明显的提高。目前来看主要是依靠临床表现和辅助检查来诊断，不过还是多主张重视临床的表现，在结合必要的辅助检查手段如组织病理检查、核酸杂交等，进行综合分析，慎重的做出诊断。
　　1.珍珠样阴茎丘疹病： 阴茎冠状沟有平等排列的与丝状疣相似的病损，组织病理检查仅见肥大的乳头，其中覆以正常表皮。
　　2.扁平湿疣：病损比尖锐湿疣宽而扁，为成簇的扁平丘疹。暗视野显微镜下可查到梅毒螺旋体，梅毒反应强阳性。
　　3.阴茎或外阴鳞状细胞癌：肿瘤向下浸润明显，可固定于其下的组织，可形成溃疡并发感染，局部淋巴结受累。组织病理可鉴别。
　　4.生殖器鲍温样丘疹病：生殖器部位多发怦棕红铂小丘疹。临床上像尖锐湿疣，但组织病理学上类似鲍温病的变化。