在医学领域，很多研究者认为构成阴茎短小的缘由是多种多样的，有先天的要素，也有后天的要素，遗传基因的影响较为基本，经常见缘由如下：

1)在母体怀孕期间因药施用不当，影响雄性激素的分泌，先生不足;

2)缺乏健壮性机能的营养和原素，形成先天发育不良;

3)青少年发育期间，摄入的锌原素、雄性激素、维生素E和相关蛋白营养不足，缺乏后天能量补充，起不到壮大性器官的作用;

4)内体寒、怕冷、体内阳气不足，致使阴茎不能有效凸出，有部分内缩于腹内;

5)性生活过度，身体虚弱或在青少年刚发育期间手淫过频，使肾脏在发育时无能量去壮大发育性器官，形成阴茎短小;患有睾丸炎、隐睾症、睾丸发育不全等症及内分泌不平衡，雄性激素不足;

6)包皮过长，缺乏生长的必要空间，阴碍阴茎的发育生长。阴茎短小对性生活的影响

阴茎短小对男性性生活的影响并不是绝对的，有极个别男子的阴茎太短，确实会影响性生活。

种称为小阴茎，多见于15—25岁的青年，常伴有第二性征发育不良，例如睾丸太小、没有胡须、阴毛、腋毛，喉部较平等。这是由于体内缺乏雄激素所造成的。

雄激素缺乏有先天性和后天性两类。先天性缺乏是在孕期内胚胎阶段已发生，一般在出生后就会被发现。后天性缺乏是由于染色体或内分泌系统障碍所致，往往要到青春期，阴茎不能发育，迟迟未出现第二性征时才引起注意。但这类患者却又要在青春期内治疗才有效果。如果在20岁前后才发现性发育不良而求治，此时全身发育己成熟定型，再让阴茎长大就较困难。

第二种称为阴茎短小。阴茎勃起长度一般不超过5 CM;很难性交。但睾丸发育正常，阴毛、胡须等第二性征存在。本病的病因未明，一般认为与妊娠6—9个月期间雄激素过少有关，需去医院检查治疗。

第三种是肥胖者的“阴茎短小”。这其实只是一种假象，因为肥胖者下腹部耻骨联合前的皮下脂肪堆积，使阴茎大部分埋藏于皮下脂肪内，仅外露一小部分，粗看起来确实短一截。但是只要将阴茎周围组织后推，仍可露出阴茎的全貌。肥胖会造成性器官接触不良而影响性交，甚至阴茎无法进入阴道。这就要在专科医师指导下，采用特殊体位，便可获满意的性生活。

有关医师较后强调指出，对于影响个人性生活的阴茎短小者，如果又对个人的性生活比较在意，可以考虑做阴茎延长手术或阴茎假体手术治疗。